重点的にレベル上げしたいを艦は旗艦に置くことが普通ですか、さらにMVPをとらせることができれば捗ります。
ですが、艦隊全体の火力を上手く調整しないとなかなかうまく行きません。
 なので今回は任意の艦にMVPを取らせる話。

  大和レベル上げの話でも触れていますが戦艦や空母の場合、旗艦に置いて随伴艦に軽巡や駆逐艦また砲の搭載数を抑えた重巡を入れ他の空母や雷巡など開幕攻撃する艦は入れず、艦隊全体の火力を砲雷撃戦一巡目で敵を全滅させない程度に抑えて旗艦が確実に二回攻撃できるようにしておけば旗艦ボーナスとMVPボーナス両方をとらせることができます。
 レベル上げでよく使われる3-2キス島沖を一戦して帰還する場合、入渠時間の短い潜水艦を一隻入れておくと潜水艦に攻撃が集中するので他の艦は被害を受けずにレベル上げをすることができます。1戦で帰還しても旗艦はMVPをとれば殆ど疲労が堪らないので疲労した随伴艦を入れ替えれば延々とレベル上げを続けることができます。
 3-2よりも経験値の高い3-3アルフォンシーノ沖や5-4サーモン海域では潜水艦を攻撃しない重巡が1~2隻出没することになりますが、同様のやり方でを一戦して帰還する方法もあります。
 重巡の場合戦艦や空母よりも火力が低いので難しくなりますがレベルを上げたい重巡を旗艦において弾着修正射撃装備にし、随伴艦に軽巡駆逐艦と砲を下ろし瑞雲1スロット入れた航空戦艦一隻をつけることでそれなりの確率でMVPを取らせることができます。ただ、航空戦艦は一巡目と二巡目の攻撃が両方当たればMVPをとってしまうこともあるので艦隊の後ろに配置しなるべく戦艦が二巡目の行動をする前に敵を全滅させるように調整する必要があります。それでも重巡あまりMVPは安定しないので疲労のおかげで一戦で帰還するやり方の場合あまり連続で出撃はできません。
 一応、軽巡でも上位の火力のある球磨、長良、名取などは同様のやり方でMVPを取らせられなくもありません。
 航空巡洋艦は、瑞雲より上位の水上爆撃機があれば重巡よりは高い確率でMVPを取らせることができますがそれでも戦艦空母程は安定しません。 
 重巡航巡のレベル上げの場合、被弾をさけて一戦で帰還するやり方よりはそれほど敵の強くない4-1ジャム島攻略作戦や4-2カレー洋制圧戦を最後まで戦ったほうがいいかもしれません。
 敵が固く回避も高くなる5-4では重巡航巡に狙ってMVPを取らせるのはほぼ無理なのでオススメしません。 

 以上の話はある程度レベル上がった艦を対象にした話なので、最低でもレベル25くらいまで上げて近代化改修済みの艦でないとMVPはとれないと思います。