戦闘は

航空戦→開幕雷撃→砲撃戦一巡目→(戦場に戦艦がいる場合のみ)二巡目の砲撃戦→雷撃戦→夜戦

 の順で進行します。砲撃戦一巡目は射程順に味方と敵交互に行動、二巡目は上から順に交互に行動します。敵に戦艦がいて自艦隊に戦艦がいなくとも味方の内射程の長い艦からランダムに選ばれて先に行動します。
 味方に戦艦がいない場合、中射程の艦から最初に行動する艦が選ばれることになります。この時、空母に副砲を装備させておけば最初に行動する可能性も生まれます。

 例外もありますが通常、敵の艦隊はもっとも強力な艦を旗艦にして上から強い順に並んでいます。味方の目標はランダムに選ばれるので、随伴艦が旗艦を「かばう」こともあって航空戦や開幕雷撃、最初に行動した艦の攻撃は敵の数が減っていない序盤に敵旗艦が目標になる確率は低くなります。
 よってほとんどの場合砲撃戦一巡目に自軍の最大火力であるところの戦艦は、敵旗艦以外の駆逐艦などを攻撃することになります。戦艦の次に中射程の雷巡重巡軽巡が行動し、最後に短射程の空母と駆逐艦が行動します。短射程の艦が行動する頃には敵もいくらか沈んでいるはずなので、一巡目に敵旗艦を攻撃する確率が最も高いのは短射程の艦ということになります。
  空母に副砲を装備して中射程にしてしまうと、空母が敵旗艦を攻撃する確率を下げてしまうことになります。後半海域では、道中に敵の旗艦にエリートやフラグシップ戦艦が配置され危険になっていくので副砲を装備しないほうが有利になることもあります。

 砲撃戦二巡目は射程関係なく上から順に味方敵交互に攻撃します。二巡目味方旗艦の行動後に敵旗艦が生存していれば敵の最も強力な艦に二回目も攻撃されることになります。
 旗艦は味方艦に庇ってもらえることもあり柔らかい艦を配置することも多いのですが、味方艦隊が砲撃戦一巡目に敵の大半を沈められるだけの力があれば旗艦から順に火力の高い艦を配置したほうが艦隊全体の被害を減らすことにつながります。 

 逆を言えば、二巡目までに敵の旗艦に配置された戦艦を沈められないならどうあっても二回攻撃されることになります
 ゲームを進めていくと夜戦マップ以外での途中撤退の原因の殆どが戦艦によるものとなります。その海域に何度か挑戦した時に敵の戦艦空母の砲撃二巡目までに中破以上の損害を与えられる可能性が低いと感じたなら、ボス艦隊相手に以外には単縦陣形はとらないほうがよいでしょう。そのような海域では単縦陣複縦陣以外では殆ど役に火力を発揮できず装甲も低い雷巡などは攻略の不安定要員になるので連れて行かないほうがいいことすらあります。

 旗艦にどの艦娘を配置するかは鎮守府事情によっても変わりますが、砲撃戦二巡目を見据えるなら火力の高い順に上から配置したほうがよいでしょう。ただし砲撃戦二巡目の更に先、夜戦まで考えるとまた配置は変わってきます。
 夜戦を考えると、夜戦で行動しない空母と夜戦火力の低い艦は艦隊後方に配置したほうがよいといわれますが、そのために空母を後列に配置して道中の安定度を下げてしまっては元も子もありません。ボス到達率が低いようならそもそも夜戦を考慮した艦隊配置はすべきではありません。